What can we learn about lyssavirus genomes using 454 sequencing?

Höper, Dirk GND; Finke, Stefan GND; Freuling, Conrad Martin GND; Hoffmann, Bernd GND; Beer, Martin GND

The main task of the individual project number four "Whole genome sequencing, virus-host adaptation, and molecular epidemiological analyses of lyssaviruses" within the network "Lyssaviruses - a potential re-emerging public health threat" is to provide high quality complete genome sequences from lyssaviruses. These sequences are analysed in-depth with regard to the diversity of the viral populations as to both quasi-species and so-called defective interfering RNAs. Moreover, the sequence data will facilitate further epidemiological analyses, will provide insight into the evolution of lyssaviruses and will be the basis for the design of novel nucleic acid based diagnostics. The first results presented here indicate that not only high quality full-length lyssavirus genome sequences can be generated, but indeed efficient analysis of the viral population gets feasible.

Hauptziel des Teilprojektes 4 mit dem Titel „Whole genome sequencing, virus-host adaptation, and molecular epidemiological analyses of lyssaviruses“ innerhalb des Forschungsverbundes „Lyssaviruses – a potential re-emerging public health threat“ ist es, vollständige Lyssavirus-Genomsequenzen mit hoher Qualität zu erstellen. Diese Sequenzen werden im Hinblick auf die Zusammensetzung der Virenpopulation hinsichtlich Quasispezies und des Vorkommens sogenannter „defective intefering RNAs“ detailliert untersucht. Darüber hinaus werden die gewonnenen Sequenzinformationen für epidemiologische Analysen herangezogen und Aussagen über die Evolution der Lyssaviren erlauben. Weiterhin dienen die Genomsequenzen als Basis für die Entwicklung neuer Nukleinsäure-basierter Diagnostikmethoden. Die ersten hier dargestellten Ergebnisse des Projektes zeigen bereits, dass nicht nur die Gewinnung qualitativ hochwertiger Genomsequenzen, sondern auch die Analyse der Diversität der Viruspopulation möglich ist.

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Zitierform:

Höper, Dirk / Finke, Stefan / Freuling, Conrad Martin / et al: What can we learn about lyssavirus genomes using 454 sequencing?. 2012.

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